प्राचीन भारतीय शास्त्रों में वर्णित रुद्राक्ष की पवित्रता के कारण, इसे पहनने से पहले शुद्ध और सक्रिय किया जाना चाहिए। यह निश्चित रूप से पहनने वाले पर निर्भर करता है। सबसे पहले, रुद्राक्ष को जब तक कि वह किसी गुरु, करीबी रिश्तेदार या मित्र द्वारा न दिया गया हो, उसे नया और बिना पहना हुआ होना चाहिए। बाज़ारों में मिलने वाली सेकंड हैंड माला शुद्धिकरण के लिए उपयुक्त नहीं होगी। यह बिना किसी दरार या छेद के साफ और बिना किसी नुकसान के होना चाहिए।
रुद्राक्ष केवल शैव या भगवान शिव के भक्तों तक ही सीमित नहीं है, यह मानव जाति का है और इसे किसी भी धर्म का कोई भी व्यक्ति पहन सकता है।

रुद्राक्ष को सम्मान की आवश्यकता है, तथा इसके चमत्कारी प्रभावों की उच्च उम्मीदों के बिना इसे धारण किया जाना चाहिए। समय के साथ इसके प्रभाव संचित होते जाएंगे।

सरल नियम:
1. शराब, ड्रग्स आदि का नशा करते समय रुद्राक्ष धारण नहीं करना चाहिए।
2. किसी भी शारीरिक अंतरंगता के दौरान रुद्राक्ष धारण नहीं करना चाहिए।
3. अंतिम संस्कार में भाग लेते समय रुद्राक्ष धारण नहीं करना चाहिए।
4. मासिक धर्म के दौरान महिलाओं को रुद्राक्ष नहीं पहनना चाहिए।

ये सरल नियम हैं लेकिन अगर अनजाने में इनका उल्लंघन किया जाता है तो नीचे दिखाए गए सरल अनुष्ठान से इन्हें शुद्ध किया जा सकता है। और भी विस्तृत अनुष्ठान हैं जो शिव पुजारी द्वारा सबसे अच्छे तरीके से किए जाते हैं। वैकल्पिक रूप से रुद्राक्ष को शिव मंदिर में ले जाया जा सकता है और लिंगम पर उचित पूजा की जा सकती है। अन्यथा यहाँ सरल अनुष्ठान है जो कोई भी कर सकता है। संस्कृत में इसे अभिषेकम के नाम से जाना जाता है। कोई शुभ दिन चुनें या सोमवार का उपयोग करें जो भगवान शिव का दिन है।

1. रुद्राक्ष को भगवान शिव की तस्वीर या लिंग के पास रखें।
2. गंगाजल का उपयोग करें, जिसे किसी भी भारतीय किराने की दुकान से खरीदा जा सकता है। इसे रुद्राक्ष पर हल्के से छिड़कें जब तक कि यह पवित्र जल से संतृप्त न हो जाए।
3. चंदन पाउडर का उपयोग करें, जो भारतीय दुकानों से खरीदा जा सकता है। इसे पेस्ट के रूप में मिलाएं और माला या मुखी पर लगाएं।
4. रुद्राक्ष के पास एक फूल रखें और धूपबत्ती अर्पित करें।
5. महामृत्युंजय मंत्र या 'ओम नमः शिवाय' का न्यूनतम 11 बार जाप करें, यह संख्या 108 भी हो सकती है। यह पूरी ईमानदारी से किया जाना चाहिए।
6. अब रुद्राक्ष पहनने के लिए तैयार है, इसे पूजा स्थल पर रखें।

प्रत्येक मुखी के लिए अतिरिक्त मंत्रों का जाप किया जा सकता है, विशिष्ट मुखी के लिए उपयुक्त मंत्रों की जांच करें।

यह प्रक्रिया मासिक आधार पर या महाशिवरात्रि जैसे शुभ दिनों पर की जा सकती है।